黄瓜泛基因组研究重大突破，数据规模大，发表于顶级期刊，影响深远。
中国农业科学院蔬菜花卉研究所组装 125 份黄瓜高质量基因组,构建迄今规模最大、质量最高的黄瓜泛基因组,系统刻画结构变异与基因拷贝数变异的全貌。研究发现 CsFT 串联重复变异是驱动黄瓜早花适应的遗传基础,并首次克隆了参考基因组中已'隐性丢失'的黑星病抗性基因 CsCcu 和受稀有变异调控的果长基因 CsSPL1。论文发表于《自然·遗传学》(Nature Genetics)。
研究组装 125 份黄瓜高质量基因组，构建迄今规模最大、质量最高的黄瓜泛基因组。系统刻画结构变异与基因拷贝数变异的全貌，发现 CsFT 串联重复变异是驱动黄瓜早花适应的遗传基础，并首次克隆了参考基因组中已"隐性丢失"的黑星病抗性基因 CsCcu。
中国农科院蔬菜花卉所牵头联合青岛农业大学及国内外多所高校,完成三大核心成果:建成全球规模最大、质量最优的黄瓜泛基因组公共资源,填补黄瓜完整遗传变异数据库空白;成功克隆CsFT、CsCcu、CsSPL1三大具备极高育种价值的功能基因,可快速开发配套分子标记,直接应用于早熟、抗病、优质果型黄瓜新品种定向选育;建立'高质量泛基因组构建+亚群体分层关联分析+基因编辑功能验证'的完整标准化研究流程。中国科学院院士钱前评价,该研究打通基因组结构变异与农艺性状的关联通路,挖掘抗病、果长关键功能基因,为黄瓜精准分子育种筑牢基础。
中国农科院蔬菜花卉研究所张圣平研究员团队联合青岛农业大学在国际期刊《自然·遗传学》发表论文,建成当前规模最大、组装质量最优的黄瓜染色体级泛基因组。整合全球422份黄瓜种质重测序数据,筛选125份代表性材料完成染色体水平基因组组装,新增28890个此前从未被报道的非冗余新基因。依据全基因组SNP标记将全球黄瓜划分为印度、西双版纳、欧亚、东亚四大地理类群,系统解析结构变异调控黄瓜地域适应与农艺性状分化的遗传机制,成功克隆黑星病抗性基因CsCcu与果长调控基因CsSPL1,为我国蔬菜种业自主创新提供核心理论支撑与可复制技术范式。
中国农业科学院蔬菜花卉研究所王晓武科研团队对白菜和甘蓝两类芸薹属作物的驯化进行了深入研究,揭示了驯化与古多倍化形成的亚基因组的关系,相关研究结果于 8 月 15 日在线发表于 Nature Genetics 上。研究完成了白菜和甘蓝类蔬菜作物代表材料的基因组重测序,构建了白菜和甘蓝类蔬菜的群体基因组变异图谱,分别确定了一大批白菜和甘蓝叶球形成与膨大根(茎)驯化选择的基因组信号与相关基因,为加快白菜类与甘蓝类蔬菜分子育种奠定了重要基础。
中国农业科学院蔬菜花卉研究所马铃薯遗传育种与栽培创新团队联合国内高校,揭示特异假单胞菌通过代谢重编程赋予马铃薯耐盐性的新机制,相关研究成果发表在《npj Biofilms and Microbiomes》上。研究对117份二倍体马铃薯材料开展耐盐评价与根际微生物组分析,发现耐盐马铃薯材料在盐胁迫条件下可富集更多存在互作关联的细菌类群,且假单胞菌丰度显著提高。研究进一步分离得到耐盐促生特异假单胞菌株,该菌株既可促进耐盐马铃薯在盐渍土壤中生长,也可提升盐敏感马铃薯的耐盐能力,初步证实其可激活苯丙烷生物合成等防御相关通路。
中国农业科学院蔬菜花卉研究所马铃薯遗传育种与栽培创新团队联合国内高校,揭示特异假单胞菌通过代谢重编程赋予马铃薯耐盐性的新机制。团队对117份二倍体马铃薯开展耐盐评价与根际微生物组分析,发现耐盐材料可富集更多互作关联细菌类群,假单胞菌丰度显著提高;分离的特异假单胞菌株可激活苯丙烷生物合成等防御通路,论文发表于《npj Biofilms and Microbiomes》。