福建农科院：破译大黄鱼锥体虫基因密码——首次完成染色体水平无缺口全基因组组装
大黄鱼锥体虫基因组组装完成，为病害防控提供基础数据，属农业科技细分领域重要进展。
福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所罗土炎研究员团队，联合海南大学、福建省水产技术推广总站等单位，首次完成大黄鱼锥体虫染色体水平、无缺口全基因组组装。相关成果于 2026 年 7 月 9 日在线发表于国际期刊 Scientific Data。联合研究团队最终获得总长度约 51.04 Mb 的高质量参考基因组，并组装为 35 条拟染色体，共预测出 10172 个蛋白编码基因。
来源：【福州晚报】8月29日讯
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福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所罗土炎研究员团队，联合海南大学、福建省水产技术推广总站等单位，首次完成大黄鱼锥体虫染色体水平、无缺口全基因组组装。相关成果于2026年7月9日在线发表于国际期刊Scientific Data。
大黄鱼锥体虫是一种寄生于大黄鱼血液中的单细胞寄生原虫。此前，相关研究主要依赖形态学观察、少数分子标记及系统发育分析，能够解决病原识别和初步分类问题，但对其完整基因组结构、基因组成及进化特征仍缺乏系统认识。
围绕这一基础性问题，联合研究团队从病原分离纯化、培养扩增、高质量核酸制备，到PacBio HiFi长读长测序、Hi-C建库和生物信息分析，逐步完成从样品到染色体水平基因组的技术链条，最终获得总长度约51.04 Mb的高质量参考基因组，并组装为35条拟染色体。其中，25条拟染色体达到端粒到端粒（T2T）完整组装（原始HiFi测序数据回贴率达99.99%，BUSCO完整度超过99%），团队共预测出10172个蛋白编码基因。
在此基础上，团队进一步开展比较基因组分析，明确了大黄鱼锥体虫在锥体虫属中的系统进化位置，并发现515个基因家族发生扩张。相关扩张基因在宿主—病原互作、免疫逃逸、代谢调控和细胞信号等通路中呈富集趋势，为后续解析其宿主适应和潜在致病机制提供了重要线索。
“高质量参考基因组相当于为后续研究建立了一套统一、完整的‘坐标系’。”罗土炎介绍。
该研究成果将为筛选更具特异性的分子检测靶标、研究病原遗传变异与传播规律，以及开展大黄鱼锥体虫病精准监测、风险评估和防控技术研发提供重要基础数据。（记者 梁凯鸿 通讯员 刘碧云 文/摄）
